Nguồn nước ở ĐBSCL phụ thuộc nhiều nước từ thượng nguồn sông Mê Kông nên các hoạt động khai thác phía thượng nguồn đã và đang là nguy cơ trực tiếp làm suy giảm nguồn nước chảy vào Việt Nam. Ngoài ra, vấn đề khai thác nước ngầm phục vụ sản xuất nông nghiệp, công nghiệp cũng đã làm ảnh nghiêm trọng thêm vấn đề đối với nguồn tài nguyên nước ở ĐBSCL, khiến cho mặn đến sớm, xâm nhập sâu và có xu hướng ngày càng khốc liệt, bất thường. Vì vậy, cần triển khai những giải pháp tổng thể, mang tính chiến lược, đồng bộ, liên vùng để giảm thiểu xâm nhập mặn vào vùng.